Benigno Simeon "Noynoy" Cojuangco Aquino III sinh ngày 8 tháng 2 năm 1960 tại Manila. Aquino là con thứ 3 trong gia đình 5 anh em. Bố ông Benigno Aquino, Jr. là phó thống đốc tỉnh Tarlac. Mẹ ông là bà Corazon Aquino. Ông có 4 chị em gái: Maria Elena (Ballsy) Aquino-Cruz, Aurora Corazon (Pinky) Aquino-Abellada, Victoria Eliza (Viel) Aquino-Dee, và Kristina Bernadette (Kris) Aquino-Yap.

Ông học phổ thông đến đại học từ năm 1965 đến năm 1981.

Sau khi Aquino được 11 tháng tuổi, Benigno "Ninoy" Aquino, Jr., bị bắt và bị cáo buộc tội "ủng hộ việc phá hoại chính quyền bằng sức mạnh và vũ lực",[4] Ninoy bị đem ra xử trước tòa án binh, ở Fort Bonifacio tháng 8 năm 1973.[4] Ngày 25 tháng 8 năm 1973, Ninoy viết một lá thư căn dặn con trai như sau:

"Lời khuyên duy nhất cha danh cho con đó là sống tự trọng và có lương tâm.

Không có nơi nào tốt đẹp hơn Tổ quốc của chúng ta. Không ai tuyệt vời hơn nhân dân của chúng ta. Hãy phục vụ họ bằng con tim, ý chí và tất cả sức mạnh của con.

Con trai, cuộc sống đang ở trong tay của con."[1][4]

Năm 1981, Aquino tốt nghiệp đại học Manila với tấm bằng cử nhân kinh tế. Không lâu sau đó, ông được đoàn tụ với gia đình ở Newton, Massachusetts, trong trại tị nạn.

Năm 1983, sau hơn 2 năm ở Hoa Kỳ, Aquino trở về Philippines cùng với gia đình, không lâu sau cái chết do bị ám sát của bố ông vào ngày 21 tháng 8 năm 1983. Ông đã từng là thành viên của Philippine Business for Social Progress trong một thời gian ngắn. Ở đây, ông làm việc như một trợ lý của giám đốc điều hành tổ chức này. Sau đó, ông làm giám sát viên bán lẻ cho Mondragon Industries Philippines, Inc. rồi sau đó là quản lý nhân sự cho Nike Philippines, Inc.

Từ năm 1986 đến năm 1992, trong thời kì tại vị của mẹ ông là tổng thống Corazon Aquino, Aquino làm việc tại công ty bảo hiểm Intra-Strata của người chú phó chủ tịch công ty Antolin Oreta Jr.

Ngày 28 tháng 8 năm 1987, 18 tháng sau khi tổng thống Corazon Aquino nhâm chức, cuộc binh biến do Gregorio Honasan cầm đầu đã diễn ra với tham vọng chiếm cứ dinh Malacañang. Aquino lúc này đang ở cách đó 2 toà nhà và bị tấn công. 3 trong số 4 tùy tùng của ông bị giết và người còn lại bị thương nặng do bảo vệ Aquno. Ông bị trúng 5 phát đạn và một trong số đó hiện tại vẫn nằm trong cổ của Aquino.[5]

Từ năm 1993 đến năm 1998, Aquino làm trợ lý điều hành rồi sau đó là quản lý dịch vụ tại công ty sản xuất đường Central Azucarera de Tarlac của Hacienda Luisita phụ trách vùng CojuangcoFrom 1993 to 1998.